Если куллер вырубается еще при запуске биоса, то винда здесь ни причем.
И кстати , какой куллер? ЦПУ или просто корпусный?
Если ЦПУ, то я бы не шутил с ним и для надежности сменил бы. Кулер стоит не так уж и дорого, но во всяком случае на много дешевле процессора.
Если куллер на корпусе - вырви его и выбрось в окно. Ну или сделай питание от блока питания (в любом комп магазине спроси переходник с куллера (3 пин или 4 пин ) на блок питания 4 пин. Они знают что это за хуйня. ( заметка: сколько штыречков на проводе куллера , столько и пин
)